Luận án Nghiên cứu hệ gen của virus cúm A/H5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang

MỤC LỤC

Trang

DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT VÀ GIẢI NGHĨA . VI

DANH MỤC CÁC BẢNG . VIII

DANH MỤC CÁC HÌNH . XI

MỞ ĐẦU . 1

CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU . 4

1.1. Đại cương về bệnh cúm gia cầm . 4

1.1.1. Lịch sử bệnh cúm gia cầm . 4

1.1.2. Tình hình dịch cúm gia cầm A/H5N1 trên thế giới . 5

1.1.3. Tình hình dịch cúm gia cầm A/H5N1 ở Việt Nam . 7

1.1.4. Nguyên nhân gây bệnh. 9

1.1.5. Cơ chế sinh bệnh . 13

1.1.6. Triệu chứng lâm sàng . 15

1.1.7. Bệnh tích . 16

1.1.8. Chẩn đoán bệnh. 18

1.1.9. Phòng chống bệnh cúm gia cầm . 20

1.2. Sinh học phân tử virus cúm A . 24

1.2.1. Hệ gen của virus cúm A. 24

1.2.2. Protein của virus - cấu trúc và chức năng . 26

1.2.3. Cơ chế phân tử quá trình xâm nhiễm và nhân lên của virus cúm A 36

1.2.4. Các phương thức biến đổi kháng nguyên của virus cúm A . 38

1.3. Tiến hóa hệ gen virus cúm A/H5N1 . 42

1.3.1. Sự tiến hóa của virus cúm A/H5N1 . 42

1.3.2. Sự xâm nhập các genotype của virus cúm A/H5N1vào Việt Nam. 44

1.3.3. Sự biến đổi thành phần hemagglutinin (HA) tạo nên các nhóm

kháng nguyên (clade) của virus cúm A/H5N1 tại Việt Nam. 47IV

1.4. Phản ứng RT-PCR trong nghiên cứu virus cúm A . 49

1.5. Một số nghiên cứu về sinh học phân tử virus cúm A/H5N1 tại ViệtNam . 50

1.6. Tầm quan trọng của việc giải mã hệ gen virus cúm A/H5N1 . 54

CHƯƠNG 2: NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁPNGHIÊN CỨU. 56

2.1. Đối tượng nghiên cứu . 56

2.2. Địa điểm và thời gian nghiên cứu . 56

2.3. Nội dung nghiên cứu . 56

2.3.1. Giải trình tự toàn b ộ hệ gen chủng virus cúm A/H5N1 (CkHG4)

phân lập từ gà Hậu Giang . 56

2.3.2. Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả

hệ chủng CkHG4 với các chủng của Việt Nam và thế giới . 56

2.4. Vật liệu nghiên cứu . 56

2.4.1. Nguyên liệu . 56

2.4.2. Dụng cụ và thiết bị . 57

2.4.3. Hóa chất . 57

2.4.4. Các dung dịch và môi trường . 57

2.5. Phương pháp nghiên cứu . 58

2.5.1. Phương pháp tách chiết RNA tổng số . 58

2.5.2. Phương pháp RT-PCR . 59

2.5.3. Phương pháp kiểm tra sản phẩm RT-PCR . 63

2.5.4. Phương pháp tinh sạch sản phẩm RT-PCR . 63

2.5.5. Phương pháp dòng hóa. 64

2.5.6. Phương pháp giải trình tự . 67

2.5.7. Phương pháp xử lý số liệu. 69

CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN . 70

3.1. Kết quả giải mã hệ gen virus cúm A/H5 N1 chủng CkHG4 . 70

3.1.1. Kết quả tách RNA tổng số . 70V

3.1.2. Kết quả giải trình tự các gen kháng nguyên HA (H5)

và NA (N1) . 71

3.1.2.1. Giải trình tự gen H5 (HA) . 71

3.1.2.2. Giải trình tự gen N1 (NA) . 73

3.1.3. Kết quả giải trình tự các gen polymerase . 75

3.1.3.1. Giải trình tự gen PB2 . 75

3.1.3.2. Giải trình tự gen PB1 . 76

3.1.3.3. Giải trình tự gen PA . 77

3.1.4. Kết quả giải trình tự các gen NP, M và NS. 79

3.1.4.1. Giải trình tự gen NP . 79

3.1.4.2. Giải trình tự gen M. 79

3.1.4.3. Giải trình tự gen NS . 80

3.2. Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả hệ của

chủng CkHG4 với các chủng của Việt Nam và thế giới . 83

3.2.1. Phân tích gen H5 . 84

3.2.2. Phân tích gen N1 . 93

3.2.3. Phân tích gen PB2 . 102

3.2.4. Phân tích gen PB1 và PB1-F2. 106

3.2.5. Phân tích gen PA. 112

3.2.6. Phân tích gen NP . 117

3.2.7. Phân tích gen M . 120

3.2.8. Phân tích gen NS. 124

3.3. Thảo luận chung . 131

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ . 136

CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN

LUẬN ÁN. 138

TÀI LIỆU THAM KHẢO . 139

PHỤ LỤC